Когато се подозира и се търси причина за непоносимостта към храни, е нужно да изключим токсичните реакции като хранително отравяне и др., както и заболяванията на храносмилателната система, свързани с анатомична или функционална причина.
Алергията от своя страна е дисфункция на имунната система със засилен имунен отговор, срещу безопасни чужди вещества. Въпреки това терминът алергия не се използва за всички форми на възпаление, индуцирани от чужди вещества, а само когато реакцията е предизвикана от съществуваща индивидуална сенсибилизация. Тази сенсибилизация може да се основава на образуването на IgE антитела - алергия от 1-ви тип или специфични Т-лимфоцити – алергия от 4-ти тип.
Алергичните реакции от 1-ви тип са незабавни и се медиират от IgE антитела специфични за храната. Ето защо при този тип алергия симптомите като сърбеж, подуване на устната кухина и гърлото, астма, повръщане и диария се проявяват в рамките на минути до няколко часа след консумация на храната, затова алергията е от бърз тип. При алергизирани пациенти симптомите се отключват от много малки количества от съответния алерген в храната.
Всяка храна може да бъде алерген. Животозастрашаващите системни реакции са типични за соя, фъстъци, ядки, риба и ракообразни.
Забавена алергична реакция от 4-ти тип е типична основно при възрастни. Хранителните алергии, които не са медиирани от IgE, се срещат по-често при възрастни. Те се основават не на IgE антитела, а на алерген-специфични Т-лимфоцити, насочени срещу белтъци в храната. Симптомите обикновенно се развиват от 24 до 48 часа след приема на храната и трудно се свързват с приема на храните, които пациентът е консумирал. Симптоматиката е сложна. Стомашно-чревните възпалителни симптоми като пропускливо черво, екземи и обострянето на миалгия и артрит.